国税クレジットカードお支払いサイトに直接，情報を打ち込んで支払えばよい
結論から言うと，2021年3月時点では「国税クレジットカードお支払いサイトに直接，情報を打ち込んで支払う」というのが税務署の公式見解だとのことです。税務署に電話して確認しました。
「複数のクレジットカードを利用することはできますか」というQ2-4
上記のQ2-4の「クレジットカードの決済可能額以下の金額ごとに納税額を分割して納付手続を行い」というのは，「国税クレジットカードお支払いサイトに直接，情報を打ち込んで支払う」ということだとのことです。
「国税クレジットカードお支払いサイト」はe-Taxとは連動していないシステム
上記の「国税クレジットカードお支払いサイト」は，e-Tax（メッセージボックス）からの一方通行でしか連動していません。この場合は一括で全額を払うことしかできません。
複数のクレジットカードで分割して支払う場合は，上記のサイトで複数回に分けて支払います。支払い情報は，氏名と住所で名寄せをしているだけのようです。
確定申告後（書名申請でも電子申請でも）に，上記の「国税クレジットカードお支払いサイト」から…
例えば「納める税金」が50万円の場合…
- 30万円：Ａ社クレジットカード
- 15万円：Ｂ社クレジットカード
- 5万円：Ｃ社クレジットカード
上記のように3回に分けて支払えばいいとのことです。
国税クレジットカードお支払いサイトの「納付内容」に金額を打ち込むだけ
この「納付内容」で，「本税」と「合計額」に金額を打ち込んでいくわけですね。
そうすると，何回に分けても税務署の方で氏名と住所で名寄せして，申告した「納める税金」の額になっているか判定してくれるそうです。
「いまこれだけ払いました」とか「あと何円の支払いが必要です」のような表示はありませんので，自分で計算してちょうどになるように納めていきます。
決済手数料は1万円ごとに計算されますので，端数以外の支払いは「○万円」ちょうどにした方がおトクです。
ダイレクト納付（銀行口座引き落とし）の場合はe-Taxソフトで「納付情報登録依頼」を分割する
ダイレクト納付（銀行口座引き落とし）の場合はe-Taxソフトで「納付情報登録依頼」を分割します。下記の記事にまとめました。
クレジットカード納付の場合も，上記の「納付情報登録依頼」の分割をするのかと思っていたのですが，まだそこまで追いついていないようです。
まとめ
所得税などをクレジットカード複数枚で分割してオンライン納付するには，「国税クレジットカードお支払いサイトに直接，情報を打ち込んで支払う」でOKです。
上記の税目を6種類の国際ブランドのクレジットカードで支払いできます。
「納める税金」を一括で支払う場合は，e-Taxソフト（WEB版）のメッセージ「納付情報登録依頼」から支払えばOKです。
しかし，クレジットカード複数枚で分割してオンライン納付する場合は，e-Taxソフト（WEB版）は一切使わずに「国税クレジットカードお支払いサイトに直接，情報を打ち込んで支払う」ことになります。
上記の記事でダイレクト納付（銀行口座引き落とし）についてまとめましたが，クレジットカード納付も同じ仕組みなので，上記の方法が今後は一般的になってくるのかもしれません。
まだそこまで追いついていないようです。
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